完成指挥官剧情，核心在于按顺序推进游戏的主线系列任务，关键节点包括第二场梦、内战、惊惧之心与灵魂纷争等任务。指挥官功能的初次解锁始于第二场梦系列任务，完成该任务后，你即可通过按下键盘上的数字键5召唤出指挥官，此时指挥官仅能进行简单位移和使用基础的虚空射线攻击，尚不能自由脱离战甲活动。在此之后，你需要继续推进内战任务，这是彻底解放指挥官能力的关键，完成后指挥官将能完全脱离战甲，在战场上自由移动、跳跃和使用传识技能。
你会接触到指挥官与环境的关键互动，例如当遇到虚空回响装置发出橙色能量波纹时，需切换为指挥官并使用虚空射线持续照射共振点，以触发后续剧情。指挥官在某些战斗场景中不可或缺，例如对付洛迪触发的灵煞能量屏障或凶魂百夫长这类敌人时，必须切换至指挥官形态用虚空射线给予最后一击。在火卫二的殁世幽都，使用指挥官进行快速移动可以直接瞬移到NPC面前，这比用战甲移动更为高效。
灵魂纷争任务将进一步深化指挥官剧情并解锁其完全体能力，此任务流程较长，需要专注应对。完成主线剧情后，指挥官的成长主要依托专精系统，该系统在第二场梦后开启，分为五大流派，通过为满级装备安装专精透镜并积累专精点数来解锁各类强化战甲和指挥官自身的技能。指挥官的主要武器增幅器可通过地球赛特斯或火卫二殁世幽都的声望系统获取部件蓝图，自行铸造和组合，以应对更高难度的战斗。
